[Almiotti79]

Risolto, sbagliavo tutto io.. 
In pratica devo avere 2 script separati. Un script che intercetta le azioni e che si appoggia a una oggetto esterno (anche la cam) e poi lo script con la variabile e l'azione da compiere innescata da chi intercetta.
Allego i due codici :

SCRIPT SULLA CAM :

Codice:

using UnityEngine;
using System.Collections;

public class rilevaCollisione : MonoBehaviour {
    void Update(){
        if (Input.GetMouseButtonUp (0)) {
            RaycastHit hit;
            Ray raggio = Camera.main.ScreenPointToRay (Input.mousePosition);
            Debug.DrawRay (raggio.origin, raggio.direction * 10, Color.yellow);

            if (Physics.Raycast (raggio,out hit)) {  
                Debug.Log (hit.collider.name);
                hit.collider.GetComponent<attivatore>().attiva();
            }
        }
    }
}

SCRIPT SUL PREFAB (E QUINDI LE SUE ISTANZE) :

Codice:

using UnityEngine;
using System.Collections;

public class attivatore : MonoBehaviour {
    public Material[] Materiali;
    private bool attivo = true;
    public void attiva(){
        if (attivo) {
            this.gameObject.GetComponent<Renderer>().sharedMaterial = Materiali [0];
            attivo = false;
        } else {
            this.gameObject.GetComponent<Renderer>().sharedMaterial = Materiali [1];
            attivo = true;
        }
    }
}

Grazie a tutti. Alla prox.